Minder dan 2.5% van de personen die een contrast MRI onderzoek ondergaan ervaart een bijwerking van het onderzoek. Deze bijwerkingen zijn meestal mild. Ernstige bijwerkingen zijn zeer zeldzaam. De meest voorkomende bijwerkingen zijn hoofdpijn, misselijkheid, claustrofobie, het harde geluid kan als oncomfortabel worden ervaren, blauwe plek op de plaats van het infuus.
